Après des études de philosophie, Jonathan Millet part de longues années filmer des pays lointains ou inaccessibles pour des banques de données d’images. Seul avec sa caméra, il traverse et filme une cinquantaine de pays (Iran, Soudan, Pakistan, toute l’Amérique du Sud, le Proche-Orient, l’Afrique de long en large). On l’encourage surtout à aller dans les régions les plus reculées. Il commence ainsi à apprendre à saisir les visages, les espaces, à retranscrire une atmosphère en quelques plans.
Après cette expérience, Il réalise le long métrage documentaire "Ceuta, douce prison" sélectionné dans plus de 60 festivals internationaux puis "Dernières nouvelles des étoiles", tourné en Antarctique et "La disparition" tourné en Amazonie. Il réalise ensuite plusieurs courts métrages sélectionnés dans de nombreux festivals (Clermont-Ferrand, Pantin, Palm Springs, Brest...) dont "Et toujours nous marcherons" sélectionné aux César en 2018 et le moyen métrage "La veillée", qui bénéficie d’une sortie en salles. La même année il est nommé « Talent en court ».
Les fantômes est son premier long métrage de fiction.